生物安全柜的作用和實驗室通風柜的作用類似，生物安全柜中安全處理樣本的實驗操作過程中需要注意以下幾點：
1. 當使用皮下(皮膚下面)注射針頭和注射器的時候，應僅限于從隔膜塞住的試管中取出液體或給動物接種。切勿將皮下(皮膚下面)注射針頭從注射器中取出或重新蓋上蓋子，以防止意外的自我接種。
2. 在使用移液器進行樣本處理時，移液器應輕輕按壓，并用吸頭抵住離心管或試管內壁，緩慢進行移液操作，防止樣本外溢。
3.在處理樣本前和處理樣本完成后，所有工作臺區(qū)域都應進行嚴格的消毒，以確保實驗及實驗室安全。
4.實驗室工作人員應穿戴防護設備,如：口罩、面罩、呼吸器、眼罩、隔離服、防護服、手套、鞋套等，在離開實驗室前應將其取下。以避免因服裝因素索造成的生物污染。實踐證明，眼罩或面罩的防護也是值得重視的，它們往往可以防止因意外接觸面部或眼睛而導致的粘膜感染。
5.實驗過程中應當實時檢查試管蓋是否處于密封狀態(tài)，因為在渦旋混合器、超聲波清洗機、高速離心機等儀器中進行混合樣本處理過程中會產(chǎn)生氣溶膠或液滴。
6.由于氣溶膠的產(chǎn)生是實驗室生物污染的重要來源，有些實驗室也會通過使用含有熒光素的假樣本來檢測氣溶膠的產(chǎn)生路徑以評估其傳播水平。
7.生物安全柜使用中出現(xiàn)任何意外溢出的生物樣本都應立即使用消毒劑進行嚴格的清潔。
8.工作完成后，應將受污染的材料放入生物危害容器或高壓滅菌處理并完成，對于可重復使用的實驗室設備例如移液器、試管架等應立即進行消毒。
